OneDriveで大容量または多数のファイルを同期すると同期ができなくなる現象に遭遇しました。
仕事でもプライベートでもよく利用しているのですが、特に仕事において、大容量・多数のファイルを同期させることがありますので、困った現象です。
今回遭遇した現象を挙げておきます。

• タスクバー右下にある常駐アイコンのところにOneDriveのアイコンがいつの間にか消える
• OneDriveをスタートメニューから再起動するとOneDriveの常駐アイコンが表示されるが、マウスポイントすると消える
• 端末を再起動しても不具合が解消したり解消しなかったり
• システムファイルチェッカーを使用して、念のため端末再起動すると復旧

有効な手は、システムファイルチェッカーのようです。
コマンドプロンプトで操作する必要がありますが、難しくありません。
手順はMicrosoftのサポートサイトにありますが、一部不自然な翻訳があるにで、こちらにも記載しておきます。

1. Windowsの最新の更新プログラムがインストールされていることを確認し、コンピューターを再起動します。
2. タスクバーの検索ボックスに「コマンドプロンプト」と入力し、結果の一覧からコマンド プロンプト (デスクトップ アプリ) を右クリックまたは長押しします。[管理者として実行] を選択し、[はい] を選択します。
3. 「DISM.exe /Online /Cleanup-image /Restorehealth」(各 "/" の前にスペースを入れます) と入力し、Enterキーを押します。(注: この手順の開始と完了には数分かかる場合があります)。
4. "操作が正常に完了しました" というメッセージが表示されたら、「sfc /scannow」("sfc" と "/"の間にスペースを入れます)と入力し、Enterキーを押します。
5. "検証 100% 完了" というメッセージが表示されたら、「exit」と入力し、Enter キーを押します。

4番目について、Microsoftのサポートサイトの記述が不自然な箇所があります。
「"sfc" と "/"の間の領域をメモします」という意味不明な記述がありますが、おそらく翻訳の誤りです。
ちなみに英語版の記述は (note the space between "sfc" and "/") で、このnoteを「メモする」と翻訳されているのかと思います。
この場合は、「メモする」いうよりも「注意する」と解釈する方が適しています。

MicrosoftはOneDriveを使わせようとしますが、そうであれば、大容量・多量こそきちんと同期できるようにしてほしいと思います。